建設單位管理費在公路工程總投資中所占比重并不大，但它是一個比較敏感的指標。它反映了建設單位內部管理水平的高低，在審計、檢查中往往將實際發生的管理費與概預算進行比較，考核費用控制情況。但財務上建設單位管理費指標與概預算上的核算內容并不一致，兩者不可簡單比較。
交通部交公路發［2005］230號“關于完善公路基本建設工程概算預算編制辦法有關內容的通知”中對建設單位管理費的規定是：建設單位管理費系指建設單位為建設項目的立項、籌建、建設、竣（交）工驗收、總結等工作所發生的費用。不包括應計入設備、材料預算價格的建設單位采購及保管設備、材料所需的費用。費用內容包括：工作人員的工資、工資性補貼、施工現場津貼、社會保險費用（基本養老、基本醫療、失業、工傷保險）、住房公積金、職工福利費、工會經費、勞動保護費；辦公費、會議費、差旅交通費、固定資產使用費（包括辦公及生活房屋折舊、維修或租賃費，車輛折舊、維修、使用或租賃費，通迅設備購置、使用費，測量、試驗設備儀器折舊、維修或租賃費，其他設備折舊、維修或租賃費等）、零星固定資產購置費、招募生產工人費；技術圖書資料費、職工教育經費、工程招標費（不含招標文件及標底編制費）；合同契約公證費、法律顧問費、咨詢費；建設單位的臨時設施費、完工清理費、竣（交）工驗收費、各種稅費（包括房產稅、車船使用稅、印花稅等）；建設項目審計費、境內外融資費用（不含建設期貸款利息）、業務招待費、安全生產管理費和其他管理性開支。概預算取費以建筑安裝工程費總額為基數，按十一級累進辦法計算。
而財政部財建［2002］394號“基本建設財務管理規定”第二十一條對建設單位管理費的規定是：建設單位管理費是指建設單位從項目開工之日起（財建［2003］724號修改為從籌建之日起）至辦理竣工財務決算之日止發生的管理性質的開支。包括：不在原單位發工資的工作人員工資、基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、辦公費、差旅交通費、勞動保護費、工具用具使用費、固定資產使用費、零星購置費、招募生產工人費、技術圖書資料費、印花稅、業務招待費、施工現場津貼、竣工驗收費和其他管理性質開支。建設單位管理費的總額控制數以項目審批部門批準的項目投資總概算為基數，并按投資總概算的不同規模分七檔計算。
一、兩者差異詳細分析
1、考核計算基數不同
概預算中建設單位管理費是以建筑安裝工程費總額為基數，按十一級累進辦法計算，而財務實際控制時是以項目投資總概算為基數，分七檔累進計算。同一項目按不同基數、費率計算的管理費指標大不相同。例：某二級公路，批復概算為6.0599億元，其中建筑安裝工程費為4.5607億元，概預算以建筑安裝工程費為基數計算建設單位管理費為712.50萬元，財務以批復概算為基數計算的實際控制額為486萬元，兩者相差226.50萬元。
2、具體核算內容區別
建設單位管理費在財務中核算范圍較窄，概預算中除了包括財務上的核算內容外，還包括財務“待攤投資”科目中的臨時設施費、合同公證費、（貸款）項目評估費、國外借款手續費及承諾費、社會中介機構審計（查）費、招投標費、經濟合同仲裁費、訴訟費、律師代理費、車船使用稅、壞賬損失、固定資產損失、航道維護費、航標設施費、航測費等（“待攤投資”其他明細項目公路工程項目中一般很少涉及）。所以與概預算批復管理費進行比較時，應將財務上實際發生的建設單位管理費加上待攤投資中以上有關項目費用發生額才能相互比較。
3、調整了概預算中管理費核算范圍
新概預算編制辦法（2005年）中建設單位管理費比老辦法（1996年）中核算內容有所減少。國家法律、法規規定的各種評估（價）費、論證費，設計、監理、施工招標文件及施工招標標底文件編制費及前期規劃費用等原來都未單列項目，統一在建設單位管理費中列支。新編制辦法將原勘察設計費改為建設項目前期工作費，在原勘察設計費的基礎上將以上費用全部包括在前期工作費中。而財務上勘察設計費項目核算內容并未修改，為與概預算核算口徑一致，便于兩者的比較，建議在財務核算中將以上費用也列入勘察設計費。此外，新辦法還規定：建設單位管理費和工程監理費均為實施建設項目管理的費用，執行時可根據建設單位和施工監理單位所實際承擔的工作內容和工作量統籌使用。這意味著通過招標，在監理費比概預算節約的情況下，節余的監理費可補充建設單位管理費的不足。
二、管理費超支原因分析
目前，建設單位管理費超支現象比較普遍。究其原因較多，概括如下：
1、管理體制的因素
公路基本建設的投資主體是省交通廳，地方政府有少部分自籌資金。我省高速公路由省高速公路建設開發總公司成立項目公司管理，面上工程由地方公路局或交通局成立項目公司，報上級部門批準。主管部門對建設單位管理費開支沒有詳細全面的管理制度。如省公路局對省統貸統還公路建設項目制定了財務管理暫行規定，對人員待遇和車輛配置作出了明確規定，但針對不同投資規模人員如何定編卻未作出規定。現實中，建設單位定員彈性大，一個建設單位少則幾十人，多則上百人，因人設人情崗的現象時有發生，人員組成不精干，引起管理費用增加。
2、辦公管理現代化
社會經濟飛速發展，建設單位的辦公設施也在不斷更新換代，引起管理費用增加，但這卻是管理的需要。現在建設單位普遍實行電腦辦公，有的還建立了內部局域網及網站，實行了網絡化工程計量；建設單位還要租賃像樣的辦公場所及加以裝修。以上費用對投資規模不大的項目來說所占比重不小。
3、車輛的購置及使用費
公路施工一般點多、線長，建設單位管理人員要經常到施工現場進行各種檢查，必須購置車輛。當工作需要，在規定的車輛數量不夠時，建設單位往往又違規購置或租賃車輛。車輛的購置費、租賃費及日常使用費有的占到了概預算批復管理費的一半以上。
4、建設規模擴大
在工程施工中，因設計深度不夠等原因引起建設規模擴大需要調整概算時，相應管理費也會大幅增加。建設規模擴大，要變更工程設計，有的還會延長工期，帶來工程變更各種技術評審會議和向上級單位報批（指10萬元或50萬元以上的變更）的各種附帶開支以及增加建設單位月固定費用開支。在調整概算批復前，有的還會增加審計（查）費及其他各種附帶開支。
5、建設單位的管理水平
面上工程一般由項目所在地的公路局或交通局成立項目公司。有的是第一次當業主進行項目管理，缺乏管理經驗，管理水平不高，工作人員也是在本系統臨時抽調，責任心不強，有經驗的管理技術人員也較為缺乏，工作效率不高，引起日常管理費用增加。嚴重的由于工期安排不當，被迫延長工期，大大增加了管理費的開支。
6、建設資金不到位
有的項目地方要出部分配套資金，因地方財政困難，資金到不了位，引起工程中途停工，增加了停工期間的管理費開支。
7、物價上漲因素
盡管建設單位管理費的取費率在2005年進行了調整，比較符合當時的社會平均水平，但每年都有一定的物價上漲率，隨著時間的推移，人均消費指數上升，管理費也會逐年增加。
8、其他開支
如公路工程事關政府形象，往往在開工、通車時舉行大型慶典，這筆費用由建設單位承擔，也是一筆不小的開支。還有建設單位要處理上下左右的各種協調事務，日常業務招待不可少，建設單位有時想控制也是心有余而力不足。尤其在經濟發達地區，幾年建設工期下來，業務招待費超支數額不菲。
三、管理費控制探討
1、真正落實項目法人責任制
目前成立的項目公司，只負責項目的建設，不負責建成后的運營管理，也不負責籌資和還貸，形成了花錢的“權”和籌資及還貸的“責”嚴重不對等。落實項目法人責任制就是要項目法人真正承擔投資風險。由于目前的投資體制和管理體制，主管部門應根據建設項目所在地的物價水平及項目的投資規模、地理、地形和里程等情況，對各項管理費的開支制定詳細預算（在發達地區，費用預算有可能高于概算批復），與項目公司簽訂管理費用控制責任書，或者由項目公司自己制定管理費用總預算和年度預算，報主管部門審批后執行，鼓勵項目公司高效、經濟、科學地管理項目。同時，要建立約束與激勵機制，將費用控制的好壞與項目負責人的待遇與政治考核、任免提拔結合起來，促使管理者提高管理水平，充分調動其積極性。
2、實行代建制，招標選擇中介機構進行項目管理
針對項目公司管理水平不高，業務能力不強，機構設置不精煉，人員多可辦事效率低下的情況，可實行代建制，招標選擇有資質和法人資格的社會中介機構承擔項目建設管理，全權負責工程質量、進度及造價的管理，投資方只負責提供施工環境和條件，負責資金籌措和定期的宏觀協調，不直接參與項目管理。中介機構一般人力資源豐富，管理水平高及與外界聯系緊密，復合型人才多，投入工作人員要少，可有效降低管理費的開支。我國大型項目有投資方委托中介機構的情況，一般地方公路建設項目還很少，國外就比較多了。從目前代建試點的效果來看，實行代建制的工程降低了工程造價和管理費用，提高了工程質量，縮短了工期，提高了政府投資項目實施情況的透明度和資金的有效利用。當然，目前代建制仍然在發展探索中，還有很多不完善的方面，我們要不斷研究，大力發展。